Das Dokumentationszentrum wurde im März 1987 eröffnet. Gründer und Träger sind zu gleichen Teilen die Stadt Würzburg und der Bezirk Unterfranken.

Das Zentrum versteht sich als zentrale Auskunftsstelle für die jüdische Geschichte in der Region. Es ruft die reichhaltige jüdische Geschichte und Kultur in Unterfranken durch regelmäßige Veranstaltungen (Vorträge, Ausstellungen und Publikationen) ins öffentliche Bewusstsein. Durch die Förderung und Veröffentlichung wissenschaftlicher Arbeiten wird die Erforschung der jüdischen Geschichte Unterfrankens vorangebracht. Schließlich soll insbesondere der Schuljugend durch Führungen und Vorträge ein wahrheitsgetreues Bild vom Judentum und der jüdischen Komponente der Heimatgeschichte vermittelt werden. Eine wissenschaftliche Präsenzbibliothek ist im Aufbau.
Die 1938 von der Gestapo beschlagnahmten und 1954 nach Israel abgegebenen Aktenarchive der jüdischen Gemeinden in Unterfranken sollen als wichtigste historische Quellenbestände nach und nach in Kopie bereitgestellt werden.
Daneben sammelt das Dokumentationszentrum schriftliche und bildliche Zeugnisse des jüdischen Lebens in der Region. Seit 1992 besteht eine etwa 120 Exponate umfassende Dauerausstellung mit historischen Fotografien, Ritualgegenständen und Fundstücken aus unterfränkischen Synagogen Ergänzend zur Dauerausstellung ist eine Broschüre erschienen, deren Schwerpunkt auf auf kurzen erzählenden Texten, angereichert mit Bildern und Quellenauszügen liegt und die einen kompakten Überblick über die Geschichte der Juden in Mainfranken vom Beginn des 12. Jahrhunderts bis zum Jahr 2006 enthält.

Das Dokumentationszentrum verfügt über eine ständig ausgebaute, derzeit etwa 1200 Bände umfassende wissenschaftliche Bibliothek zur jüdischen Kultur und zur jüdischen Geschichte Unterfrankens; darüber hinaus wird aber auch Literatur zur Geschichte der Juden in ganz Deutschland gesammelt.

In verschiedenen Publikationsreihen des Stadtarchivs Würzburg sind mehrere Veršffentlichungen zur jüdischen Geschichte Unterfrankens erschienen. Als wohl bislang wichtigste verdient das „Biographische Handbuch Würzburger Juden 1900-1945” von Reiner Strätz besondere Hervorhebung, zumal dieses Werk nicht nur die Stadt Würzburg erfasst, sondern räumlich in die Region und noch darüber hinaus ausgreift und zeitlich jüdisches Leben in weit mehr als einem Jahrhundert beschreibt.